中科院上海巴斯德研究所麒麟創新研究院（以下簡稱 創研院 ）是由中國科學院上海巴斯德研究所與南京市麒麟科技創新園（生態科技城）開發建設管理委員會共同舉辦的南京地方事業法人單位，于2018年1月正式成立。
創研院以打造成為上海巴斯德所南京分所為主要定位，聚焦傳染病診防治及生物醫藥的研發，重點開展抗體藥物、新型疫苗、分子免疫診斷等方向的前沿理論與技術創新、產品創制等，推動研發及產業鏈高端要素匯聚，協力打造國際一流的麒麟生物醫藥產學研基地。
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